Onder de Omgevingswet maakt natuur een deel uit van het bredere begrip fysieke leefomgeving. De wet is gericht op het in onderlinge samenhang:
Deze doelen zijn leidend voor de uitvoering van de wet.
Taken en bevoegdheden voor natuur liggen net als onder de Wet natuurbescherming primair bij de provincies en soms bij het Rijk. De wet vereist dat provincies actieve maatregelen treffen voor de bescherming, de instandhouding of het herstel van biotopen en leefgebieden in voldoende gevarieerdheid voor alle in Nederland van nature in het wild levende vogelsoorten. Gemeenten kunnen niet afwijken van de landelijke en provinciale natuurregels, maar spelen wel een aanvullende rol voor natuur.
Natuur zit als integraal deel van de fysieke leefomgeving in alle kerninstrumenten van de wet:
De Omgevingswet werkt volgens het 'nee, tenzij' principe ten aanzien van beschermde soorten (waaronder alle van nature in het wild levende vogelsoorten vallen): schadelijke handelingen zijn verboden, tenzij er een uitzondering voor is gemaakt.
De wet bevat een specifieke zorgplicht voor een ieder die een flora- en fauna-activiteit verricht en weet of redelijkerwijs kan vermoeden dat die activiteit nadelige gevolgen kan hebben voor de natuurbelangen. Die zorgplicht vereist:
De wet verbiedt om zonder omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit inheemse vogels opzettelijk te doden of vangen, nesten, rustplaatsen en eieren van vogels te vernielen of beschadigen, eieren te rapen en onder zich te hebben, en vogels opzettelijk te storen.
Uitzonderingen op deze verboden (door het verlenen van een omgevingsvergunning of een vrijstelling) zijn onder strikte voorwaarden mogelijk, onder andere voor veiligheid, schadebestrijding of wetenschappelijk onderzoek. De wet regelt ook de jacht, schadebestrijding, populatiebeheer, handel, exoten, en verboden en toegestane vangstmiddelen en -methoden.
De specifieke zorgplicht en de verboden zijn bestuursrechtelijk en strafrechtelijk handhaafbaar.
De Omgevingswet en de bijbehorende uitvoeringsregelgeving bevatten specifieke regels voor de aanwijzing van Natura 2000-gebieden (door het Rijk), de vaststelling van Natura 2000-beheerplannen (door de provincies en voor de grote wateren het Ministerie van Infrastructuur en Water) en de bescherming van deze Natura 2000-gebieden, waaronder een groot aantal gebieden die als essentieel leefgebied dienen voor vogels.
Het belangrijkste rechtgevolg van de aanwijzing als Natura 2000-gebied is dat er een omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit is vereist voor een project dat niet direct verband houden met het beheer van het gebied en mogelijk schade kan toebrengen aan de natuurwaarden waarvoor het gebied is aangewezen. Voor dergelijke projecten kan alleen een vergunning worden verleend als er zekerheid is dat er geen significante gevolgen zullen optreden. Zo niet, dan kan de activiteit niet worden toegestaan, tenzij is voldaan aan de voorwaarden van het maken van een uitzondering daarop (geen alternatieven, dwingende reden van groot openbaar belang, en natuurcompensatie).
De wet bevat daarnaast een specifieke zorgplicht voor een ieder die weet of redelijkerwijs kan weten dat zijn activiteit verslechterende of significant verstorende gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied. Die zorgplicht vereist:
De vergunningplicht en specifieke zorgplicht zijn bestuursrechtelijk en strafrechtelijk handhaafbaar.
De wet bevat landelijke regels voor het natuurnetwerk Nederland (NNN) en het aanwijzen van bijzondere provinciale natuurgebieden en bijzondere provinciale landschappen. Provincies zijn verantwoordelijk voor de aanwijzing en bescherming van deze gebieden. Het beschermingsregime voor het NNN is niet meer in detail op landelijk niveau geregeld, maar is vastgelegd in provinciale omgevingsverordeningen. Dat kan dus verschillen per provincie.
Het Rijk kan daarnaast nationale parken aanwijzen die vooral een educatieve en communicatieve functie hebben.