De Wet natuurbescherming bevat een algemene zorgplicht voor alle in het wild levende dieren en planten. Daarnaast voorziet de wet in strikte verboden die gelden voor aangewezen beschermde inheemse diersoorten, waaronder alle van nature in Nederland voorkomende soorten vogels. Dus zowel vogels in de tuin als op de Veluwe zijn beschermd.
De wet werkt volgens het 'nee-tenzij' principe ten aanzien van beschermde inheemse soorten: schadelijke handelingen zijn verboden, tenzij er een uitzondering voor is gemaakt. Het is niet toegestaan om vogels te doden, vangen, verwonden, verstoren, bezitten, verhandelen, de nesten en eieren te verstoren of te vernietigen. Uitzonderingen op deze verboden zijn onder voorwaarden mogelijk, onder andere voor veiligheid, schadebestrijding of onderzoek. De wet regelt ook de jacht in ons land.
De Wet natuurbescherming bevat specifieke regels voor de aanwijzing, het beheer en de bescherming van Natura 2000-gebieden, waaronder een groot aantal gebieden die als essentieel leefgebied dienen voor vogels.
Het belangrijkste rechtgevolg van de aanwijzing als Natura 2000-gebied is dat er een vergunningplicht geldt voor alle activiteiten die mogelijk schade kunnen toebrengen aan een gebied. Voor dergelijke schadelijke activiteiten kan alleen een vergunning worden verleend als er geen alternatief is en als het gaat om een dwingende reden van groot openbaar belang. De kokkelvisserij in de Waddenzee is nu bijvoorbeeld verboden. Er kon namelijk niet worden aangetoond dat er géén schade zou ontstaan aan de natuur, en er was geen van de andere redenen aanwezig om toch een vergunning te verlenen.
De wet biedt geen bescherming aan andere natuurgebieden, maar vereist wel van provincies dat zij gebieden aanwijzen voor het natuurnetwerk Nederland en verleent hen de bevoegdheid om bijzondere provinciale natuurgebieden en bijzondere provinciale landschappen aan te wijzen. De Minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit kan daarnaast op grond van de wet nationale parken aanwijzen die vooral een educatieve en communicatieve functie hebben. De voormalige beschermde natuurmonumenten zijn met bijbehorende doelen opgeheven met de inwerkingtreding van de Wet natuurbescherming.
Provincies krijgen de belangrijkste taken en bevoegdheden voor de uitvoering van de wet, waaronder een duidelijke verplichting om actieve beschermingsmaatregelen te nemen voor soorten die dat nodig hebben en de bevoegdheid om gebieden aan te wijzen die van provinciaal belang zijn vanwege hun natuurwaarden of landschappelijke waarden. De provincies krijgen daarnaast bevoegdheden om vrijstellingen en ontheffingen te verlenen voor schadebestrijding, overlast, populatiebeheer en andere redenen. Vogelbescherming zal er nauwlettend op toezien dat deze taken en bevoegdheden zorgvuldig worden uitgeoefend door de provincies.
Er wordt op dit moment een Omgevingswet ontwikkeld die voorziet in een nieuw, integraal wettelijk kader voor de fysieke leefomgeving. De Omgevingswet bundelt een groot aantal wetten op het gebied van bouwen, milieu, water, ruimtelijke ordening, natuur en landschap. De Wet natuurbescherming zal over een aantal jaren worden geïntegreerd in de Omgevingswet via een aanvullingswet.